Monate bis Jahre nach einer Borrelien-Infektion können verschiedene Borreliose-Symptome auftreten. In 60 Prozent der Fälle entsteht eine Lyme-Arthritis. Meist ist von dieser Gelenkentzündung das Knie betroffen. Auch andere Gelenke können von den Borrelien besiedelt werden. Die Arthritis macht sich durch Schmerzschübe bemerkbar, die sich unter Bewegung noch verschlimmern.

Das Gelenk ist gerötet, geschwollen & überwärmt. Diese Beschwerden treten meist schubweise auf. Auch am Herzen können sich die Auswirkungen der langen Borreliose-Infektion zeigen. Besonders nach einer Entzündung des Herzens im zweiten Stadium bleiben oft Langzeitfolgen bestehen, die den Herzmuskel oder die Signalübermittlung des Herzens betreffen. Diese Schäden können die Effizienz der Herzschläge sowie den Schlagrhythmus beeinträchtigen. Relativ selten entsteht in diesem Stadium eine Schädigung des Gehirns mit Abbau der geistigen Leistungsfähigkeit, Lähmungen oder Koordinationsstörungen. Der Befall des Gehirns oder der Nerven kommt häufig bereits nach einigen Wochen oder Monaten vor, ist allerdings auch noch nach Jahren möglich. Eine seltene Spätfolge der Lyme-Borreliose ist die sogenannte Acrodermatitis chronica atrophicans. Dabei handelt es sich um eine Hautveränderung, die Arme & Beine betrifft. Die Haut verfärbt sich dunkelrot, ist geschwollen & entzündet. Später wird sie dann papierdünn & sehr sensibel. Empfindungen in den betroffenen Hautbereichen sind oft zusätzlich gestört.